用BULK INSERT命令从插入外部TXT文件到SQL Server
最近有一批数据前期经过R语言清洗后需要插入到SQL Server。尝试了多种办法： 用DBI、RODBC包 从目前经验来看，用R来写入数据库只适应于少量的数据，如果数据量大，写入效率极低。这批数据写入跑了1天1晚。 ...
数据分析
机器学习/深度学习在药物性肝损伤的应用
药物性肝损伤（DILI）是药物开发研究、临床应用过程中均需要进行风险评估或者管理的重点，稍有不胜可导致药物研究失败，已上市药品撤市，甚至导致发病或死亡。如何进行药物性肝损的评价极为重要。 ...
MIMIC-III 数据库字典部分解读
1. ADMISSIONS —— 入院信息 该表格包括以下信息： ROW_ID：行号，这个是和Excel里行号是一个性质，我们基本用不到，不用去理他 SUBJECT_ID：这个表示病人标识码，每一位病人对应唯一的标识码，可以理解为国内医院的住院号 HADM_ID：这个对应于病人的每一次住院标识码，可以理解为国内医院病人每次住院的病案号 ADMITTIME：病人入院时间，精确到分钟，这里请注意MIMIC数据库里的年份信息为保护患者信息都是经过随意转换的，仅可计算相对时间 DISCHTIME：病人入院时间，精确到分钟 DEATHTIME：病人如在住院期间死亡，则显示具体死亡时间，精确到分钟，如住院期间无死亡事件发生，则为NULL ADMISSION_TYPE：入院类型，包括以下4种类型 ...
EBM Training[已结束]
《循证医学》课程培训计划 课程介绍：循证医学是当今世界医学领域最重要、最活跃、最前沿的新兴学科。循证医学就是遵循现有最好的证据，进行临床实践和制定宏观医疗卫生决策。实施循证医学将会不断淘汰现行无效的医学干预措施，防止新的无效的措施进入医学实践，从而不断提高医疗卫生服务的质量和效率，充分利用有限的医学资源。 课程目标：掌握循证医学的基本理论、方法和技能，学会查证、用证解决临床问题；自愿参与第二课堂，在实践中学习系统评价的方法。 共8章，主要内容如下： ...
edgeR入门
edgeR包主要是用于利用来自不同技术平台的read数（包括RNA-seq，SAGE或者ChIP-seq等）来鉴别差异表达或者差异标记（ChIP-seq）。主要是利用了多组实验的精确统计模型或者适用于多因素复杂实验的广义线性模型。所以有时作者也把前者叫做“经典edgeR”， 后者叫做”广义线性模型 edgeR“。这里定义的read数是可以指基因水平、外显子水平、转录本水平或者标签水平等，这个由用户根据自己数据分析的实际需要而定。这里作者也列举了一些差异表达鉴定方面的文献：包括edgeR刚发布时的文献–“edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data”以及后来的一些改进文章。 ...