ggplot2画火山图

用ggplot2画火山图看代码似乎还是很简单,但是真的来画了,细节还是蛮多的。

把代码写在这里,以便以后用。

图1. volcano of DEGs

这只是一个粗略的图,要细致,还需要调整网格,坐标轴,颜色,字体大小,等等……

我们能不能将下调,上调的分别改变颜色体现呢?

那就来试试吧,思路其实就是颜色的映射到不同的 见前代码colour=threshold ,之前的设置只设定了2个水平,显著or不显著。那其实只要把显著与不显著改成上调、下调、无显著改变就可以了。见代码:

建立好了分层,我们还需要做的一点是,分配颜色。

这样就搞定了。但是,但是,强迫症估计还要加上图历,映射不同颜色是吧,呵呵。那就看下面的代码吧

这样通过legend.position 指定显示的位置,或许你还想更改图例的标题,%……%……这需要你自己动手了,google or bing去寻求学习。

下面放出完整代码:

 

图2. volcano of DEGs without legend

 

图3. volcano of DEGs with legend

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  1. Maverick Chan说道:

    顶一下~我啥时候能把这些玩意用起来~囧~

    1. Bobby说道:

      重在练习,看得懂都没用,得动手就好了

  2. Peggy说道:

    不知道哪里能看到作者原始数据的data 格式是怎么样的。。。。

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