knitr使用说明详细介绍

1.相关资料

我的学习都是从以上三个资源中获取。所以特意在文件夹中把1,2转换为PDF, 希望大家仔细阅读。

文件夹中还有一个knitr-refcard.pdf,里面包括了一些常用的参数

2.环境

我们需要的是安装过knitr包的RStudio。然后在Tools-option-Sweave-weave Rnw files using -选择knitr (操作演示),新建一个test.Rmd然后后面的内容都在其中示范。

3.1 Markdown 是什么,如何写Markdown

Markdown 是一种轻量级标记语言。类似HTML,但是比html简单的多,我在文件夹中放了一个markdown的语法说明。 大家具体可以用一段时间学会。我们这里知道这么几点就可以了。标题,一个#后面跟一个空格代表一级标题,2个## 后面跟一个空格代表二级标题。

  • how are you 斜体
  • how are you 加粗

具体的语法看文件夹中的 Markdown语法说明(简体中文版)

3.2 在Markdown中写R代码

首先我们要新建一个Rmd的文件,或者在File-new file-R markdown,新建一个Rmd的文件。操作 Markdown中的R语言的代码是三个后引号(也就是在键盘左上角,Esc下面的那个键)然后后面加上{r}开始,{r,} 大括号中,r字母后面可以加入不同的参数。然后以三个后引号结束。当然都是在英文状态下输入的。

3.3 是否计算代码块参数 eval

是否计算代码块中内容的选项。 两个选项:TURE或者FALSE

eval是计算代码块中的内容。当eval=TRUE,计算,所以会在html中会显示代码运行的结果,反之,不计算,不显示。

还可以是数字选项,我们看一下下面两段代码的区别

也就是可以用eval=c()来控制那些行代码运行,那些不运行。

3.4 文本输出相关参数

echo 两个选项:TRUE或FALSE,或者是数字,用来控制那些行输出,那些行不输出。

对比上面两个的结果,我们可以看出,echo是控制代码输出的,但echo=TRUE的时候,在html中是输出代码的,当echo=FALSE的时候是不输出代码的。 warnings
error
message

以上都有两个选项,也就是假如代码中有警告的信息,报错的信息,或者其他的信息,在 最后的报告中是否显示,TURE是显示,FALSE是不显示。

3.5 代码修饰参数

3.5.1 tidy

这里还有一个tidy.opts

3.5.2 prompt

这个就是是否显示在R默认窗口中的>, 一般来说,FALSE是默认选项。没人希望在每一行都输出>

3.5.3 comment

默认情况下我们生成HTML格式的文件,所有的运行结果前面都有两个##号(演示)

在这里我们可以通过comment选项改变,当然这里一般不用改变,没有什么意义。前面是#号,可以在我们复制代码的时候, 这里的结果不会被运行。

3.5.4 highlight 代码高亮选项

我没有发现什么变化,大家自己探索一下。

3.6 缓存参数 cache

cache是代码块计算得到的缓存,可以是True也可以是False。默认为False,也就是每一次生成knit HTML,都会重新计算里面的每一个代码块。但是如果我们的代码非常的复杂。如果我们不希望每一次都重新运行,所有的代码块,那么我们可以设置cache为TRUE。 也就是,当代码块第一次运行的时候会把结果保存下来,然后当我们生成HTML的时候,就不用再重新计算,而是直接把前面保存的结果哪里,当程序复杂度高的时候,这个会节约 一定的时间。

3.7 Plot 作图参数

3.7.1 fig.width fig.height

3.7.2 fig.show = ‘asis’ ‘hold’ ‘animate’ ‘hide’

  • asis:表示在哪里生成就在哪里显示
  • hold:的意思是把图片放到代码块以后
  • animate: 如果代码块中有生成几幅图片,可以将几张图片生成动画。

用animate的要点是首先要安装:animation包。 然后http://ffmpeg.zeranoe.com/builds/ 从这里下载你需要的ffmpeg,然后直接解压到当前文件夹,比如我解压以后,重命名为ffmpeg,然后放到c:\Program Files\
然后把C:\Program Files\ffmpeg\bin放入环境变量。 然后这个选项就可以用了。

1: 由于ffmpeg的最新版本出来的动画,不一定在所有的浏览器都能播放,所以我在文件中放了一个ffmpeg.exe 这个是11年的版本, 用起来没有问题。

2:还有一个问题就是,如果你安装过其他的软件,里面自带的ffmpeg.exe,那么可能你的路径中的ffmpeg就不起作用了,查看ffmpeg位置 的命令行:Sys.which(“ffmpeg”),这样可以查看当前使用的ffmpeg是在什么地方。

3:然后提供一个最简单的办法,直接讲我的文件夹中的ffmpeg扔到system32文件夹中就没有任何问题了,也不用配置路径了。

4:关于并行图片生成的顺序,非循环方式生成图片顺序问题,待验证

当生成动画的时候还有一个参数interval=2 可以设置两个图片之间的间隔。

所有参数都在网站有详细的解释,我也有可以有理解不对的地方,欢迎大家指正。谢谢。 http://yihui.name/knitr/options

4.行内代码

我们如果想在行文中直接嵌入R的代码也非常的方便,是以后引号加r开头,然后后引号结尾。比如400。 非常的方便。

5.生成HTML

6.写Latex

7.致谢

最应该感谢的当然是包的制作者-谢益辉,然后RStudio也是很不错的。 同时,本文还参考了魏太云的PPT,同样非常感谢。在文件夹中一并附上。请大家自行参考。

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