R语言自动获取miRNA数据库靶基因预测数据案例

最近需要用到miRNA预测相关的功能,在线的检索已经很方便了,但是多个数据库的数据获取,保存成本地文档后再读入R处理,也还是比较繁琐的,索性自己的花了几分钟时间写了个post提交的代码。下面以http://www.mirdb.org/为例说下,怎么用好R来在线获取数据。

  • 网页分析
    我一般用chrome浏览器,利用F12快捷键查看网页的数据类型。具体操作,chrome打开后,按F12打开工具,在浏览器打开http://www.mirdb.org/网页,然后根据自己的需要进行选择物种、输入基因或者miRNA名字,然后检索,在chrome自带的工具栏可以看到数据提交的类型POST or GET. 具体这一步骤的细节可以自己bing or 百度。重点关注下图红色框出来的部分。

  • 构造数据

     
  • 构建post数据
  • post提交,获取数据
  • 用到的数据包

    如果上面的代码都看懂了,那么你获取其他网页的数据也就没有多少困难了。当然,咱这个案例中,并没有完全去实现如何全自动的获取数据,但是核心的东西都在这里了,如果你觉得有需要可以自己用函数封装,在用的时候直接传参数给函数,返回对应想要的数据即可。

 

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