SAM格式简介

SAMtools作为一个通用工具,使用各种方法来,以SAM格式来对reads的比对结果进行预处理。比如:索引排序,查找变异和比对查看等。
SAM格式由两部分组成:头部区和比对区,都以tab分列。

1. 简介

文件后缀名:.sam
Bowtie2是现下最流行的短序列比对软件,SAM(Sequence Alignment/Map)格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息。

 

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